# R.E.DD.B. project F-60
#
# Authors of the project: 
# F.-Y. Dupradeau & P. Cieplak
#
# February 2006

# Please rename each tripos file:
# tripos1.mol2 => DA3.mol2
# tripos2.mol2 => DA5.mol2
# tripos3.mol2 => DA.mol2
# tripos4.mol2 => DAN.mol2
# etc...

logFile leap-mol2tooff.log

alias e edit
alias q quit
alias c charge

verbosity 2

DA3 = loadmol2 DA3.mol2
set DA3 name "DA3"
set DA3 head DA3.1.P
# tail = null
set DA3.1 connect0 DA3.1.P
set DA3.1 connect1 DA3.1.H3T
set DA3.1 restype nucleic
set DA3.1 name "DA3"
# set FF atom types
set DA3.1.P type P
set DA3.1.O1P type O2
set DA3.1.O2P type O2
set DA3.1.O5' type OS
set DA3.1.O3' type OH
set DA3.1.H3T type HO
set DA3.1.C5' type CT
set DA3.1.H5'1 type H1
set DA3.1.H5'2 type H1
set DA3.1.O4' type OS
set DA3.1.C4' type CT
set DA3.1.H4' type H1
set DA3.1.C3' type CT
set DA3.1.H3' type H1
set DA3.1.C2' type CT
set DA3.1.H2'1 type HC
set DA3.1.H2'2 type HC
set DA3.1.C1' type CT
set DA3.1.H1' type H2
set DA3.1.N6 type N2
set DA3.1.H61 type H
set DA3.1.H62 type H
set DA3.1.C6 type CA
set DA3.1.C5 type CB
set DA3.1.N7 type NB
set DA3.1.C8 type CK
set DA3.1.H8 type H5
set DA3.1.N9 type "N*"
set DA3.1.C4 type CB
set DA3.1.N3 type NC
set DA3.1.C2 type CQ
set DA3.1.H2 type H5
set DA3.1.N1 type NC
# save the OFF library
saveoff DA3 DA3.off

DA5 = loadmol2 DA5.mol2
set DA5 name "DA5"
# head = null
set DA5 tail DA5.1.O3'
set DA5.1 connect0 DA5.1.H5T
set DA5.1 connect1 DA5.1.O3'
set DA5.1 restype nucleic
set DA5.1 name "DA5"
# set FF atom types
set DA5.1.O5' type OH
set DA5.1.H5T type HO
set DA5.1.O3' type OS
set DA5.1.C5' type CT
set DA5.1.H5'1 type H1
set DA5.1.H5'2 type H1
set DA5.1.O4' type OS
set DA5.1.C4' type CT
set DA5.1.H4' type H1
set DA5.1.C3' type CT
set DA5.1.H3' type H1
set DA5.1.C2' type CT
set DA5.1.H2'1 type HC
set DA5.1.H2'2 type HC
set DA5.1.C1' type CT
set DA5.1.H1' type H2
set DA5.1.N6 type N2
set DA5.1.H61 type H
set DA5.1.H62 type H
set DA5.1.C6 type CA
set DA5.1.C5 type CB
set DA5.1.N7 type NB
set DA5.1.C8 type CK
set DA5.1.H8 type H5
set DA5.1.N9 type "N*"
set DA5.1.C4 type CB
set DA5.1.N3 type NC
set DA5.1.C2 type CQ
set DA5.1.H2 type H5
set DA5.1.N1 type NC
# save the OFF library
saveoff DA5 DA5.off

DA = loadmol2 DA.mol2
set DA name "DA"
set DA head DA.1.P
set DA tail DA.1.O3'
set DA.1 connect0 DA.1.P
set DA.1 connect1 DA.1.O3'
set DA.1 restype nucleic
set DA.1 name "DA"
# set FF atom types
set DA.1.P type P
set DA.1.O1P type O2
set DA.1.O2P type O2
set DA.1.O5' type OS
set DA.1.O3' type OS
set DA.1.C5' type CT
set DA.1.H5'1 type H1
set DA.1.H5'2 type H1
set DA.1.O4' type OS
set DA.1.C4' type CT
set DA.1.H4' type H1
set DA.1.C3' type CT
set DA.1.H3' type H1
set DA.1.C2' type CT
set DA.1.H2'1 type HC
set DA.1.H2'2 type HC
set DA.1.C1' type CT
set DA.1.H1' type H2
set DA.1.N6 type N2
set DA.1.H61 type H
set DA.1.H62 type H
set DA.1.C6 type CA
set DA.1.C5 type CB
set DA.1.N7 type NB
set DA.1.C8 type CK
set DA.1.H8 type H5
set DA.1.N9 type "N*"
set DA.1.C4 type CB
set DA.1.N3 type NC
set DA.1.C2 type CQ
set DA.1.H2 type H5
set DA.1.N1 type NC
# save the OFF library
saveoff DA DA.off

DAN = loadmol2 DAN.mol2
set DAN name "DAN"
# head & tail = null
set DAN.1 connect0 DAN.1.H5T
set DAN.1 connect1 DAN.1.H3T
set DAN.1 restype nucleic
set DAN.1 name "DAN"
# set FF atom types
set DAN.1.O5' type OH
set DAN.1.H5T type HO
set DAN.1.O3' type OH
set DAN.1.H3T type HO
set DAN.1.C5' type CT
set DAN.1.H5'1 type H1
set DAN.1.H5'2 type H1
set DAN.1.O4' type OS
set DAN.1.C4' type CT
set DAN.1.H4' type H1
set DAN.1.C3' type CT
set DAN.1.H3' type H1
set DAN.1.C2' type CT
set DAN.1.H2'1 type HC
set DAN.1.H2'2 type HC
set DAN.1.C1' type CT
set DAN.1.H1' type H2
set DAN.1.N6 type N2
set DAN.1.H61 type H
set DAN.1.H62 type H
set DAN.1.C6 type CA
set DAN.1.C5 type CB
set DAN.1.N7 type NB
set DAN.1.C8 type CK
set DAN.1.H8 type H5
set DAN.1.N9 type "N*"
set DAN.1.C4 type CB
set DAN.1.N3 type NC
set DAN.1.C2 type CQ
set DAN.1.H2 type H5
set DAN.1.N1 type NC
# save the OFF library
saveoff DAN DAN.off

# -------------------------

DC3 = loadmol2 DC3.mol2
set DC3 name "DC3"
set DC3 head DC3.1.P
# tail = null
set DC3.1 connect0 DC3.1.P
set DC3.1 connect1 DC3.1.H3T
set DC3.1 restype nucleic
set DC3.1 name "DC3"
# set FF atom types
set DC3.1.P type P
set DC3.1.O1P type O2
set DC3.1.O2P type O2
set DC3.1.O5' type OS
set DC3.1.O3' type OH
set DC3.1.H3T type HO
set DC3.1.C5' type CT
set DC3.1.H5'1 type H1
set DC3.1.H5'2 type H1
set DC3.1.O4' type OS
set DC3.1.C4' type CT
set DC3.1.H4' type H1
set DC3.1.C3' type CT
set DC3.1.H3' type H1
set DC3.1.C2' type CT
set DC3.1.H2'1 type HC
set DC3.1.H2'2 type HC
set DC3.1.C1' type CT
set DC3.1.H1' type H2
set DC3.1.N4 type N2
set DC3.1.H41 type H
set DC3.1.H42 type H
set DC3.1.C4 type CA
set DC3.1.N3 type NC
set DC3.1.C2 type C
set DC3.1.O2 type O
set DC3.1.N1 type "N*"
set DC3.1.C6 type CM
set DC3.1.H6 type H4
set DC3.1.C5 type CM
set DC3.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff DC3 DC3.off

DC5 = loadmol2 DC5.mol2
set DC5 name "DC5"
# head = null
set DC5 tail DC5.1.O3'
set DC5.1 connect0 DC5.1.H5T
set DC5.1 connect1 DC5.1.O3'
set DC5.1 restype nucleic
set DC5.1 name "DC5"
# set FF atom types
set DC5.1.O5' type OH
set DC5.1.H5T type HO
set DC5.1.O3' type OS
set DC5.1.C5' type CT
set DC5.1.H5'1 type H1
set DC5.1.H5'2 type H1
set DC5.1.O4' type OS
set DC5.1.C4' type CT
set DC5.1.H4' type H1
set DC5.1.C3' type CT
set DC5.1.H3' type H1
set DC5.1.C2' type CT
set DC5.1.H2'1 type HC
set DC5.1.H2'2 type HC
set DC5.1.C1' type CT
set DC5.1.H1' type H2
set DC5.1.N4 type N2
set DC5.1.H41 type H
set DC5.1.H42 type H
set DC5.1.C4 type CA
set DC5.1.N3 type NC
set DC5.1.C2 type C
set DC5.1.O2 type O
set DC5.1.N1 type "N*"
set DC5.1.C6 type CM
set DC5.1.H6 type H4
set DC5.1.C5 type CM
set DC5.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff DC5 DC5.off

DC = loadmol2 DC.mol2
set DC name "DC"
set DC head DC.1.P
set DC tail DC.1.O3'
set DC.1 connect0 DC.1.P
set DC.1 connect1 DC.1.O3'
set DC.1 restype nucleic
set DC.1 name "DC"
# set FF atom types
set DC.1.P type P
set DC.1.O1P type O2
set DC.1.O2P type O2
set DC.1.O5' type OS
set DC.1.O3' type OS
set DC.1.C5' type CT
set DC.1.H5'1 type H1
set DC.1.H5'2 type H1
set DC.1.O4' type OS
set DC.1.C4' type CT
set DC.1.H4' type H1
set DC.1.C3' type CT
set DC.1.H3' type H1
set DC.1.C2' type CT
set DC.1.H2'1 type HC
set DC.1.H2'2 type HC
set DC.1.C1' type CT
set DC.1.H1' type H2
set DC.1.N4 type N2
set DC.1.H41 type H
set DC.1.H42 type H
set DC.1.C4 type CA
set DC.1.N3 type NC
set DC.1.C2 type C
set DC.1.O2 type O
set DC.1.N1 type "N*"
set DC.1.C6 type CM
set DC.1.H6 type H4
set DC.1.C5 type CM
set DC.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff DC DC.off

DCN = loadmol2 DCN.mol2
set DCN name "DCN"
# head & tail = null
set DCN.1 connect0 DCN.1.H5T
set DCN.1 connect1 DCN.1.H3T
set DCN.1 restype nucleic
set DCN.1 name "DCN"
# set FF atom types
set DCN.1.O5' type OH
set DCN.1.H5T type HO
set DCN.1.O3' type OH
set DCN.1.H3T type HO
set DCN.1.C5' type CT
set DCN.1.H5'1 type H1
set DCN.1.H5'2 type H1
set DCN.1.O4' type OS
set DCN.1.C4' type CT
set DCN.1.H4' type H1
set DCN.1.C3' type CT
set DCN.1.H3' type H1
set DCN.1.C2' type CT
set DCN.1.H2'1 type HC
set DCN.1.H2'2 type HC
set DCN.1.C1' type CT
set DCN.1.H1' type H2
set DCN.1.N4 type N2
set DCN.1.H41 type H
set DCN.1.H42 type H
set DCN.1.C4 type CA
set DCN.1.N3 type NC
set DCN.1.C2 type C
set DCN.1.O2 type O
set DCN.1.N1 type "N*"
set DCN.1.C6 type CM
set DCN.1.H6 type H4
set DCN.1.C5 type CM
set DCN.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff DCN DCN.off

# -------------------------

DG3 = loadmol2 DG3.mol2
set DG3 name "DG3"
set DG3 head DG3.1.P
# tail = null
set DG3.1 connect0 DG3.1.P
set DG3.1 connect1 DG3.1.H3T
set DG3.1 restype nucleic
set DG3.1 name "DG3"
# set FF atom types
set DG3.1.P type P
set DG3.1.O1P type O2
set DG3.1.O2P type O2
set DG3.1.O5' type OS
set DG3.1.O3' type OH
set DG3.1.H3T type HO
set DG3.1.C5' type CT
set DG3.1.H5'1 type H1
set DG3.1.H5'2 type H1
set DG3.1.O4' type OS
set DG3.1.C4' type CT
set DG3.1.H4' type H1
set DG3.1.C3' type CT
set DG3.1.H3' type H1
set DG3.1.C2' type CT
set DG3.1.H2'1 type HC
set DG3.1.H2'2 type HC
set DG3.1.C1' type CT
set DG3.1.H1' type H2
set DG3.1.N2 type N2
set DG3.1.H21 type H
set DG3.1.H22 type H
set DG3.1.O6 type O
set DG3.1.C6 type C
set DG3.1.C5 type CB
set DG3.1.N7 type NB
set DG3.1.C8 type CK
set DG3.1.H8 type H5
set DG3.1.N9 type "N*"
set DG3.1.C4 type CB
set DG3.1.N3 type NC
set DG3.1.C2 type CA
set DG3.1.N1 type NA
set DG3.1.H1 type H
# save the OFF library
saveoff DG3 DG3.off

DG5 = loadmol2 DG5.mol2
set DG5 name "DG5"
# head = null
set DG5 tail DG5.1.O3'
set DG5.1 connect0 DG5.1.H5T
set DG5.1 connect1 DG5.1.O3'
set DG5.1 restype nucleic
set DG5.1 name "DG5"
# set FF atom types
set DG5.1.O5' type OH
set DG5.1.H5T type HO
set DG5.1.O3' type OS
set DG5.1.C5' type CT
set DG5.1.H5'1 type H1
set DG5.1.H5'2 type H1
set DG5.1.O4' type OS
set DG5.1.C4' type CT
set DG5.1.H4' type H1
set DG5.1.C3' type CT
set DG5.1.H3' type H1
set DG5.1.C2' type CT
set DG5.1.H2'1 type HC
set DG5.1.H2'2 type HC
set DG5.1.C1' type CT
set DG5.1.H1' type H2
set DG5.1.N2 type N2
set DG5.1.H21 type H
set DG5.1.H22 type H
set DG5.1.O6 type O
set DG5.1.C6 type C
set DG5.1.C5 type CB
set DG5.1.N7 type NB
set DG5.1.C8 type CK
set DG5.1.H8 type H5
set DG5.1.N9 type "N*"
set DG5.1.C4 type CB
set DG5.1.N3 type NC
set DG5.1.C2 type CA
set DG5.1.N1 type NA
set DG5.1.H1 type H
# save the OFF library
saveoff DG5 DG5.off

DG = loadmol2 DG.mol2
set DG name "DG"
set DG head DG.1.P
set DG tail DG.1.O3'
set DG.1 connect0 DG.1.P
set DG.1 connect1 DG.1.O3'
set DG.1 restype nucleic
set DG.1 name "DG"
# set FF atom types
set DG.1.P type P
set DG.1.O1P type O2
set DG.1.O2P type O2
set DG.1.O5' type OS
set DG.1.O3' type OS
set DG.1.C5' type CT
set DG.1.H5'1 type H1
set DG.1.H5'2 type H1
set DG.1.O4' type OS
set DG.1.C4' type CT
set DG.1.H4' type H1
set DG.1.C3' type CT
set DG.1.H3' type H1
set DG.1.C2' type CT
set DG.1.H2'1 type HC
set DG.1.H2'2 type HC
set DG.1.C1' type CT
set DG.1.H1' type H2
set DG.1.N2 type N2
set DG.1.H21 type H
set DG.1.H22 type H
set DG.1.O6 type O
set DG.1.C6 type C
set DG.1.C5 type CB
set DG.1.N7 type NB
set DG.1.C8 type CK
set DG.1.H8 type H5
set DG.1.N9 type "N*"
set DG.1.C4 type CB
set DG.1.N3 type NC
set DG.1.C2 type CA
set DG.1.N1 type NA
set DG.1.H1 type H
# save the OFF library
saveoff DG DG.off

DGN = loadmol2 DGN.mol2
set DGN name "DGN"
# head & tail = null
set DGN.1 connect0 DGN.1.H5T
set DGN.1 connect1 DGN.1.H3T
set DGN.1 restype nucleic
set DGN.1 name "DGN"
# set FF atom types
set DGN.1.O5' type OH
set DGN.1.H5T type HO
set DGN.1.O3' type OH
set DGN.1.H3T type HO
set DGN.1.C5' type CT
set DGN.1.H5'1 type H1
set DGN.1.H5'2 type H1
set DGN.1.O4' type OS
set DGN.1.C4' type CT
set DGN.1.H4' type H1
set DGN.1.C3' type CT
set DGN.1.H3' type H1
set DGN.1.C2' type CT
set DGN.1.H2'1 type HC
set DGN.1.H2'2 type HC
set DGN.1.C1' type CT
set DGN.1.H1' type H2
set DGN.1.N2 type N2
set DGN.1.H21 type H
set DGN.1.H22 type H
set DGN.1.O6 type O
set DGN.1.C6 type C
set DGN.1.C5 type CB
set DGN.1.N7 type NB
set DGN.1.C8 type CK
set DGN.1.H8 type H5
set DGN.1.N9 type "N*"
set DGN.1.C4 type CB
set DGN.1.N3 type NC
set DGN.1.C2 type CA
set DGN.1.N1 type NA
set DGN.1.H1 type H
# save the OFF library
saveoff DGN DGN.off

# -------------------------

DT3 = loadmol2 DT3.mol2
set DT3 name "DT3"
set DT3 head DT3.1.P
# tail = null
set DT3.1 connect0 DT3.1.P
set DT3.1 connect1 DT3.1.H3T
set DT3.1 restype nucleic
set DT3.1 name "DT3"
# set FF atom types
set DT3.1.P type P
set DT3.1.O1P type O2
set DT3.1.O2P type O2
set DT3.1.O5' type OS
set DT3.1.O3' type OH
set DT3.1.H3T type HO
set DT3.1.C5' type CT
set DT3.1.H5'1 type H1
set DT3.1.H5'2 type H1
set DT3.1.O4' type OS
set DT3.1.C4' type CT
set DT3.1.H4' type H1
set DT3.1.C3' type CT
set DT3.1.H3' type H1
set DT3.1.C2' type CT
set DT3.1.H2'1 type HC
set DT3.1.H2'2 type HC
set DT3.1.C1' type CT
set DT3.1.H1' type H2
set DT3.1.O4 type O
set DT3.1.C4 type C
set DT3.1.N3 type NA
set DT3.1.H3 type H
set DT3.1.C2 type C
set DT3.1.O2 type O
set DT3.1.N1 type "N*"
set DT3.1.C6 type CM
set DT3.1.H6 type H4
set DT3.1.C5 type CM
set DT3.1.C7 type CT
set DT3.1.H71 type HC
set DT3.1.H72 type HC
set DT3.1.H73 type HC
# save the OFF library
saveoff DT3 DT3.off

DT5 = loadmol2 DT5.mol2
set DT5 name "DT5"
# head = null
set DT5 tail DT5.1.O3'
set DT5.1 connect0 DT5.1.H5T
set DT5.1 connect1 DT5.1.O3'
set DT5.1 restype nucleic
set DT5.1 name "DT5"
# set FF atom types
set DT5.1.O5' type OH
set DT5.1.H5T type HO
set DT5.1.O3' type OS
set DT5.1.C5' type CT
set DT5.1.H5'1 type H1
set DT5.1.H5'2 type H1
set DT5.1.O4' type OS
set DT5.1.C4' type CT
set DT5.1.H4' type H1
set DT5.1.C3' type CT
set DT5.1.H3' type H1
set DT5.1.C2' type CT
set DT5.1.H2'1 type HC
set DT5.1.H2'2 type HC
set DT5.1.C1' type CT
set DT5.1.H1' type H2
set DT5.1.O4 type O
set DT5.1.C4 type C
set DT5.1.N3 type NA
set DT5.1.H3 type H
set DT5.1.C2 type C
set DT5.1.O2 type O
set DT5.1.N1 type "N*"
set DT5.1.C6 type CM
set DT5.1.H6 type H4
set DT5.1.C5 type CM
set DT5.1.C7 type CT
set DT5.1.H71 type HC
set DT5.1.H72 type HC
set DT5.1.H73 type HC
# save the OFF library
saveoff DT5 DT5.off

DT = loadmol2 DT.mol2
set DT name "DT"
set DT head DT.1.P
set DT tail DT.1.O3'
set DT.1 connect0 DT.1.P
set DT.1 connect1 DT.1.O3'
set DT.1 restype nucleic
set DT.1 name "DT"
# set FF atom types
set DT.1.P type P
set DT.1.O1P type O2
set DT.1.O2P type O2
set DT.1.O5' type OS
set DT.1.O3' type OS
set DT.1.C5' type CT
set DT.1.H5'1 type H1
set DT.1.H5'2 type H1
set DT.1.O4' type OS
set DT.1.C4' type CT
set DT.1.H4' type H1
set DT.1.C3' type CT
set DT.1.H3' type H1
set DT.1.C2' type CT
set DT.1.H2'1 type HC
set DT.1.H2'2 type HC
set DT.1.C1' type CT
set DT.1.H1' type H2
set DT.1.O4 type O
set DT.1.C4 type C
set DT.1.N3 type NA
set DT.1.H3 type H
set DT.1.C2 type C
set DT.1.O2 type O
set DT.1.N1 type "N*"
set DT.1.C6 type CM
set DT.1.H6 type H4
set DT.1.C5 type CM
set DT.1.C7 type CT
set DT.1.H71 type HC
set DT.1.H72 type HC
set DT.1.H73 type HC
# save the OFF library
saveoff DT DT.off

DTN = loadmol2 DTN.mol2
set DTN name "DTN"
# head & tail = null
set DTN.1 connect0 DTN.1.H5T
set DTN.1 connect1 DTN.1.H3T
set DTN.1 restype nucleic
set DTN.1 name "DTN"
# set FF atom types
set DTN.1.O5' type OH
set DTN.1.H5T type HO
set DTN.1.O3' type OH
set DTN.1.H3T type HO
set DTN.1.C5' type CT
set DTN.1.H5'1 type H1
set DTN.1.H5'2 type H1
set DTN.1.O4' type OS
set DTN.1.C4' type CT
set DTN.1.H4' type H1
set DTN.1.C3' type CT
set DTN.1.H3' type H1
set DTN.1.C2' type CT
set DTN.1.H2'1 type HC
set DTN.1.H2'2 type HC
set DTN.1.C1' type CT
set DTN.1.H1' type H2
set DTN.1.O4 type O
set DTN.1.C4 type C
set DTN.1.N3 type NA
set DTN.1.H3 type H
set DTN.1.C2 type C
set DTN.1.O2 type O
set DTN.1.N1 type "N*"
set DTN.1.C6 type CM
set DTN.1.H6 type H4
set DTN.1.C5 type CM
set DTN.1.C7 type CT
set DTN.1.H71 type HC
set DTN.1.H72 type HC
set DTN.1.H73 type HC
# save the OFF library
saveoff DTN DTN.off

# ============================================

RA3 = loadmol2 RA3.mol2
set RA3 name "RA3"
set RA3 head RA3.1.P
# tail = null
set RA3.1 connect0 RA3.1.P
set RA3.1 connect1 RA3.1.H3T
set RA3.1 restype nucleic
set RA3.1 name "RA3"
# set FF atom types
set RA3.1.P type P
set RA3.1.O1P type O2
set RA3.1.O2P type O2
set RA3.1.O5' type OS
set RA3.1.O3' type OH
set RA3.1.H3T type HO
set RA3.1.C5' type CT
set RA3.1.H5'1 type H1
set RA3.1.H5'2 type H1
set RA3.1.O4' type OS
set RA3.1.C4' type CT
set RA3.1.H4' type H1
set RA3.1.C3' type CT
set RA3.1.H3' type H1
set RA3.1.C2' type CT
set RA3.1.H2'1 type H1
set RA3.1.O2' type OH
set RA3.1.HO'2 type HO
set RA3.1.C1' type CT
set RA3.1.H1' type H2
set RA3.1.N6 type N2
set RA3.1.H61 type H
set RA3.1.H62 type H
set RA3.1.C6 type CA
set RA3.1.C5 type CB
set RA3.1.N7 type NB
set RA3.1.C8 type CK
set RA3.1.H8 type H5
set RA3.1.N9 type "N*"
set RA3.1.C4 type CB
set RA3.1.N3 type NC
set RA3.1.C2 type CQ
set RA3.1.H2 type H5
set RA3.1.N1 type NC
# save the OFF library
saveoff RA3 RA3.off

RA5 = loadmol2 RA5.mol2
set RA5 name "RA5"
# head = null
set RA5 tail RA5.1.O3'
set RA5.1 connect0 RA5.1.H5T
set RA5.1 connect1 RA5.1.O3'
set RA5.1 restype nucleic
set RA5.1 name "RA5"
# set FF atom types
set RA5.1.O5' type OH
set RA5.1.H5T type HO
set RA5.1.O3' type OS
set RA5.1.C5' type CT
set RA5.1.H5'1 type H1
set RA5.1.H5'2 type H1
set RA5.1.O4' type OS
set RA5.1.C4' type CT
set RA5.1.H4' type H1
set RA5.1.C3' type CT
set RA5.1.H3' type H1
set RA5.1.C2' type CT
set RA5.1.H2'1 type H1
set RA5.1.O2' type OH
set RA5.1.HO'2 type HO
set RA5.1.C1' type CT
set RA5.1.H1' type H2
set RA5.1.N6 type N2
set RA5.1.H61 type H
set RA5.1.H62 type H
set RA5.1.C6 type CA
set RA5.1.C5 type CB
set RA5.1.N7 type NB
set RA5.1.C8 type CK
set RA5.1.H8 type H5
set RA5.1.N9 type "N*"
set RA5.1.C4 type CB
set RA5.1.N3 type NC
set RA5.1.C2 type CQ
set RA5.1.H2 type H5
set RA5.1.N1 type NC
# save the OFF library
saveoff RA5 RA5.off

RA = loadmol2 RA.mol2
set RA name "RA"
set RA head RA.1.P
set RA tail RA.1.O3'
set RA.1 connect0 RA.1.P
set RA.1 connect1 RA.1.O3'
set RA.1 restype nucleic
set RA.1 name "RA"
# set FF atom types
set RA.1.P type P
set RA.1.O1P type O2
set RA.1.O2P type O2
set RA.1.O5' type OS
set RA.1.O3' type OS
set RA.1.C5' type CT
set RA.1.H5'1 type H1
set RA.1.H5'2 type H1
set RA.1.O4' type OS
set RA.1.C4' type CT
set RA.1.H4' type H1
set RA.1.C3' type CT
set RA.1.H3' type H1
set RA.1.C2' type CT
set RA.1.H2'1 type H1
set RA.1.O2' type OH
set RA.1.HO'2 type HO
set RA.1.C1' type CT
set RA.1.H1' type H2
set RA.1.N6 type N2
set RA.1.H61 type H
set RA.1.H62 type H
set RA.1.C6 type CA
set RA.1.C5 type CB
set RA.1.N7 type NB
set RA.1.C8 type CK
set RA.1.H8 type H5
set RA.1.N9 type "N*"
set RA.1.C4 type CB
set RA.1.N3 type NC
set RA.1.C2 type CQ
set RA.1.H2 type H5
set RA.1.N1 type NC
# save the OFF library
saveoff RA RA.off

RAN = loadmol2 RAN.mol2
set RAN name "RAN"
# head & tail = null
set RAN.1 connect0 RAN.1.H5T
set RAN.1 connect1 RAN.1.H3T
set RAN.1 restype nucleic
set RAN.1 name "RAN"
# set FF atom types
set RAN.1.O5' type OH
set RAN.1.H5T type HO
set RAN.1.O3' type OH
set RAN.1.H3T type HO
set RAN.1.C5' type CT
set RAN.1.H5'1 type H1
set RAN.1.H5'2 type H1
set RAN.1.O4' type OS
set RAN.1.C4' type CT
set RAN.1.H4' type H1
set RAN.1.C3' type CT
set RAN.1.H3' type H1
set RAN.1.C2' type CT
set RAN.1.H2'1 type H1
set RAN.1.O2' type OH
set RAN.1.HO'2 type HO
set RAN.1.C1' type CT
set RAN.1.H1' type H2
set RAN.1.N6 type N2
set RAN.1.H61 type H
set RAN.1.H62 type H
set RAN.1.C6 type CA
set RAN.1.C5 type CB
set RAN.1.N7 type NB
set RAN.1.C8 type CK
set RAN.1.H8 type H5
set RAN.1.N9 type "N*"
set RAN.1.C4 type CB
set RAN.1.N3 type NC
set RAN.1.C2 type CQ
set RAN.1.H2 type H5
set RAN.1.N1 type NC
# save the OFF library
saveoff RAN RAN.off

# -------------------------

RC3 = loadmol2 RC3.mol2
set RC3 name "RC3"
set RC3 head RC3.1.P
# tail = null
set RC3.1 connect0 RC3.1.P
set RC3.1 connect1 RC3.1.H3T
set RC3.1 restype nucleic
set RC3.1 name "RC3"
# set FF atom types
set RC3.1.P type P
set RC3.1.O1P type O2
set RC3.1.O2P type O2
set RC3.1.O5' type OS
set RC3.1.O3' type OH
set RC3.1.H3T type HO
set RC3.1.C5' type CT
set RC3.1.H5'1 type H1
set RC3.1.H5'2 type H1
set RC3.1.O4' type OS
set RC3.1.C4' type CT
set RC3.1.H4' type H1
set RC3.1.C3' type CT
set RC3.1.H3' type H1
set RC3.1.C2' type CT
set RC3.1.H2'1 type H1
set RC3.1.O2' type OH
set RC3.1.HO'2 type HO
set RC3.1.C1' type CT
set RC3.1.H1' type H2
set RC3.1.N4 type N2
set RC3.1.H41 type H
set RC3.1.H42 type H
set RC3.1.C4 type CA
set RC3.1.N3 type NC
set RC3.1.C2 type C
set RC3.1.O2 type O
set RC3.1.N1 type "N*"
set RC3.1.C6 type CM
set RC3.1.H6 type H4
set RC3.1.C5 type CM
set RC3.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff RC3 RC3.off

RC5 = loadmol2 RC5.mol2
set RC5 name "RC5"
# head = null
set RC5 tail RC5.1.O3'
set RC5.1 connect0 RC5.1.H5T
set RC5.1 connect1 RC5.1.O3'
set RC5.1 restype nucleic
set RC5.1 name "RC5"
# set FF atom types
set RC5.1.O5' type OH
set RC5.1.H5T type HO
set RC5.1.O3' type OS
set RC5.1.C5' type CT
set RC5.1.H5'1 type H1
set RC5.1.H5'2 type H1
set RC5.1.O4' type OS
set RC5.1.C4' type CT
set RC5.1.H4' type H1
set RC5.1.C3' type CT
set RC5.1.H3' type H1
set RC5.1.C2' type CT
set RC5.1.H2'1 type H1
set RC5.1.O2' type OH
set RC5.1.HO'2 type HO
set RC5.1.C1' type CT
set RC5.1.H1' type H2
set RC5.1.N4 type N2
set RC5.1.H41 type H
set RC5.1.H42 type H
set RC5.1.C4 type CA
set RC5.1.N3 type NC
set RC5.1.C2 type C
set RC5.1.O2 type O
set RC5.1.N1 type "N*"
set RC5.1.C6 type CM
set RC5.1.H6 type H4
set RC5.1.C5 type CM
set RC5.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff RC5 RC5.off

RC = loadmol2 RC.mol2
set RC name "RC"
set RC head RC.1.P
set RC tail RC.1.O3'
set RC.1 connect0 RC.1.P
set RC.1 connect1 RC.1.O3'
set RC.1 restype nucleic
set RC.1 name "RC"
# set FF atom types
set RC.1.P type P
set RC.1.O1P type O2
set RC.1.O2P type O2
set RC.1.O5' type OS
set RC.1.O3' type OS
set RC.1.C5' type CT
set RC.1.H5'1 type H1
set RC.1.H5'2 type H1
set RC.1.O4' type OS
set RC.1.C4' type CT
set RC.1.H4' type H1
set RC.1.C3' type CT
set RC.1.H3' type H1
set RC.1.C2' type CT
set RC.1.H2'1 type H1
set RC.1.O2' type OH
set RC.1.HO'2 type HO
set RC.1.C1' type CT
set RC.1.H1' type H2
set RC.1.N4 type N2
set RC.1.H41 type H
set RC.1.H42 type H
set RC.1.C4 type CA
set RC.1.N3 type NC
set RC.1.C2 type C
set RC.1.O2 type O
set RC.1.N1 type "N*"
set RC.1.C6 type CM
set RC.1.H6 type H4
set RC.1.C5 type CM
set RC.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff RC RC.off

RCN = loadmol2 RCN.mol2
set RCN name "RCN"
# head & tail = null
set RCN.1 connect0 RCN.1.H5T
set RCN.1 connect1 RCN.1.H3T
set RCN.1 restype nucleic
set RCN.1 name "RCN"
# set FF atom types
set RCN.1.O5' type OH
set RCN.1.H5T type HO
set RCN.1.O3' type OH
set RCN.1.H3T type HO
set RCN.1.C5' type CT
set RCN.1.H5'1 type H1
set RCN.1.H5'2 type H1
set RCN.1.O4' type OS
set RCN.1.C4' type CT
set RCN.1.H4' type H1
set RCN.1.C3' type CT
set RCN.1.H3' type H1
set RCN.1.C2' type CT
set RCN.1.H2'1 type H1
set RCN.1.O2' type OH
set RCN.1.HO'2 type HO
set RCN.1.C1' type CT
set RCN.1.H1' type H2
set RCN.1.N4 type N2
set RCN.1.H41 type H
set RCN.1.H42 type H
set RCN.1.C4 type CA
set RCN.1.N3 type NC
set RCN.1.C2 type C
set RCN.1.O2 type O
set RCN.1.N1 type "N*"
set RCN.1.C6 type CM
set RCN.1.H6 type H4
set RCN.1.C5 type CM
set RCN.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff RCN RCN.off

# -------------------------

RG3 = loadmol2 RG3.mol2
set RG3 name "RG3"
set RG3 head RG3.1.P
# tail = null
set RG3.1 connect0 RG3.1.P
set RG3.1 connect1 RG3.1.H3T
set RG3.1 restype nucleic
set RG3.1 name "RG3"
# set FF atom types
set RG3.1.P type P
set RG3.1.O1P type O2
set RG3.1.O2P type O2
set RG3.1.O5' type OS
set RG3.1.O3' type OH
set RG3.1.H3T type HO
set RG3.1.C5' type CT
set RG3.1.H5'1 type H1
set RG3.1.H5'2 type H1
set RG3.1.O4' type OS
set RG3.1.C4' type CT
set RG3.1.H4' type H1
set RG3.1.C3' type CT
set RG3.1.H3' type H1
set RG3.1.C2' type CT
set RG3.1.H2'1 type H1
set RG3.1.O2' type OH
set RG3.1.HO'2 type HO
set RG3.1.C1' type CT
set RG3.1.H1' type H2
set RG3.1.N2 type N2
set RG3.1.H21 type H
set RG3.1.H22 type H
set RG3.1.O6 type O
set RG3.1.C6 type C
set RG3.1.C5 type CB
set RG3.1.N7 type NB
set RG3.1.C8 type CK
set RG3.1.H8 type H5
set RG3.1.N9 type "N*"
set RG3.1.C4 type CB
set RG3.1.N3 type NC
set RG3.1.C2 type CA
set RG3.1.N1 type NA
set RG3.1.H1 type H
# save the OFF library
saveoff RG3 RG3.off

RG5 = loadmol2 RG5.mol2
set RG5 name "RG5"
# head = null
set RG5 tail RG5.1.O3'
set RG5.1 connect0 RG5.1.H5T
set RG5.1 connect1 RG5.1.O3'
set RG5.1 restype nucleic
set RG5.1 name "RG5"
# set FF atom types
set RG5.1.O5' type OH
set RG5.1.H5T type HO
set RG5.1.O3' type OS
set RG5.1.C5' type CT
set RG5.1.H5'1 type H1
set RG5.1.H5'2 type H1
set RG5.1.O4' type OS
set RG5.1.C4' type CT
set RG5.1.H4' type H1
set RG5.1.C3' type CT
set RG5.1.H3' type H1
set RG5.1.C2' type CT
set RG5.1.H2'1 type H1
set RG5.1.O2' type OH
set RG5.1.HO'2 type HO
set RG5.1.C1' type CT
set RG5.1.H1' type H2
set RG5.1.N2 type N2
set RG5.1.H21 type H
set RG5.1.H22 type H
set RG5.1.O6 type O
set RG5.1.C6 type C
set RG5.1.C5 type CB
set RG5.1.N7 type NB
set RG5.1.C8 type CK
set RG5.1.H8 type H5
set RG5.1.N9 type "N*"
set RG5.1.C4 type CB
set RG5.1.N3 type NC
set RG5.1.C2 type CA
set RG5.1.N1 type NA
set RG5.1.H1 type H
# save the OFF library
saveoff RG5 RG5.off

RG = loadmol2 RG.mol2
set RG name "RG"
set RG head RG.1.P
set RG tail RG.1.O3'
set RG.1 connect0 RG.1.P
set RG.1 connect1 RG.1.O3'
set RG.1 restype nucleic
set RG.1 name "RG"
# set FF atom types
set RG.1.P type P
set RG.1.O1P type O2
set RG.1.O2P type O2
set RG.1.O5' type OS
set RG.1.O3' type OS
set RG.1.C5' type CT
set RG.1.H5'1 type H1
set RG.1.H5'2 type H1
set RG.1.O4' type OS
set RG.1.C4' type CT
set RG.1.H4' type H1
set RG.1.C3' type CT
set RG.1.H3' type H1
set RG.1.C2' type CT
set RG.1.H2'1 type H1
set RG.1.O2' type OH
set RG.1.HO'2 type HO
set RG.1.C1' type CT
set RG.1.H1' type H2
set RG.1.N2 type N2
set RG.1.H21 type H
set RG.1.H22 type H
set RG.1.O6 type O
set RG.1.C6 type C
set RG.1.C5 type CB
set RG.1.N7 type NB
set RG.1.C8 type CK
set RG.1.H8 type H5
set RG.1.N9 type "N*"
set RG.1.C4 type CB
set RG.1.N3 type NC
set RG.1.C2 type CA
set RG.1.N1 type NA
set RG.1.H1 type H
# save the OFF library
saveoff RG RG.off

RGN = loadmol2 RGN.mol2
set RGN name "RGN"
# head & tail = null
set RGN.1 connect0 RGN.1.H5T
set RGN.1 connect1 RGN.1.H3T
set RGN.1 restype nucleic
set RGN.1 name "RGN"
# set FF atom types
set RGN.1.O5' type OH
set RGN.1.H5T type HO
set RGN.1.O3' type OH
set RGN.1.H3T type HO
set RGN.1.C5' type CT
set RGN.1.H5'1 type H1
set RGN.1.H5'2 type H1
set RGN.1.O4' type OS
set RGN.1.C4' type CT
set RGN.1.H4' type H1
set RGN.1.C3' type CT
set RGN.1.H3' type H1
set RGN.1.C2' type CT
set RGN.1.H2'1 type H1
set RGN.1.O2' type OH
set RGN.1.HO'2 type HO
set RGN.1.C1' type CT
set RGN.1.H1' type H2
set RGN.1.N2 type N2
set RGN.1.H21 type H
set RGN.1.H22 type H
set RGN.1.O6 type O
set RGN.1.C6 type C
set RGN.1.C5 type CB
set RGN.1.N7 type NB
set RGN.1.C8 type CK
set RGN.1.H8 type H5
set RGN.1.N9 type "N*"
set RGN.1.C4 type CB
set RGN.1.N3 type NC
set RGN.1.C2 type CA
set RGN.1.N1 type NA
set RGN.1.H1 type H
# save the OFF library
saveoff RGN RGN.off

# -------------------------

RU3 = loadmol2 RU3.mol2
set RU3 name "RU3"
set RU3 head RU3.1.P
# tail = null
set RU3.1 connect0 RU3.1.P
set RU3.1 connect1 RU3.1.H3T
set RU3.1 restype nucleic
set RU3.1 name "RU3"
# set FF atom types
set RU3.1.P type P
set RU3.1.O1P type O2
set RU3.1.O2P type O2
set RU3.1.O5' type OS
set RU3.1.O3' type OH
set RU3.1.H3T type HO
set RU3.1.C5' type CT
set RU3.1.H5'1 type H1
set RU3.1.H5'2 type H1
set RU3.1.O4' type OS
set RU3.1.C4' type CT
set RU3.1.H4' type H1
set RU3.1.C3' type CT
set RU3.1.H3' type H1
set RU3.1.C2' type CT
set RU3.1.H2'1 type H1
set RU3.1.O2' type OH
set RU3.1.HO'2 type HO
set RU3.1.C1' type CT
set RU3.1.H1' type H2
set RU3.1.O4 type O
set RU3.1.C4 type C
set RU3.1.N3 type NA
set RU3.1.H3 type H
set RU3.1.C2 type C
set RU3.1.O2 type O
set RU3.1.N1 type "N*"
set RU3.1.C6 type CM
set RU3.1.H6 type H4
set RU3.1.C5 type CM
set RU3.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff RU3 RU3.off

RU5 = loadmol2 RU5.mol2
set RU5 name "RU5"
# head = null
set RU5 tail RU5.1.O3'
set RU5.1 connect0 RU5.1.H5T
set RU5.1 connect1 RU5.1.O3'
set RU5.1 restype nucleic
set RU5.1 name "RU5"
# set FF atom types
set RU5.1.O5' type OH
set RU5.1.H5T type HO
set RU5.1.O3' type OS
set RU5.1.C5' type CT
set RU5.1.H5'1 type H1
set RU5.1.H5'2 type H1
set RU5.1.O4' type OS
set RU5.1.C4' type CT
set RU5.1.H4' type H1
set RU5.1.C3' type CT
set RU5.1.H3' type H1
set RU5.1.C2' type CT
set RU5.1.H2'1 type H1
set RU5.1.O2' type OH
set RU5.1.HO'2 type HO
set RU5.1.C1' type CT
set RU5.1.H1' type H2
set RU5.1.O4 type O
set RU5.1.C4 type C
set RU5.1.N3 type NA
set RU5.1.H3 type H
set RU5.1.C2 type C
set RU5.1.O2 type O
set RU5.1.N1 type "N*"
set RU5.1.C6 type CM
set RU5.1.H6 type H4
set RU5.1.C5 type CM
set RU5.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff RU5 RU5.off

RU = loadmol2 RU.mol2
set RU name "RU"
set RU head RU.1.P
set RU tail RU.1.O3'
set RU.1 connect0 RU.1.P
set RU.1 connect1 RU.1.O3'
set RU.1 restype nucleic
set RU.1 name "RU"
# set FF atom types
set RU.1.P type P
set RU.1.O1P type O2
set RU.1.O2P type O2
set RU.1.O5' type OS
set RU.1.O3' type OS
set RU.1.C5' type CT
set RU.1.H5'1 type H1
set RU.1.H5'2 type H1
set RU.1.O4' type OS
set RU.1.C4' type CT
set RU.1.H4' type H1
set RU.1.C3' type CT
set RU.1.H3' type H1
set RU.1.C2' type CT
set RU.1.H2'1 type H1
set RU.1.O2' type OH
set RU.1.HO'2 type HO
set RU.1.C1' type CT
set RU.1.H1' type H2
set RU.1.O4 type O
set RU.1.C4 type C
set RU.1.N3 type NA
set RU.1.H3 type H
set RU.1.C2 type C
set RU.1.O2 type O
set RU.1.N1 type "N*"
set RU.1.C6 type CM
set RU.1.H6 type H4
set RU.1.C5 type CM
set RU.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff RU RU.off

RUN = loadmol2 RUN.mol2
set RUN name "RUN"
# head & tail = null
set RUN.1 connect0 RUN.1.H5T
set RUN.1 connect1 RUN.1.H3T
set RUN.1 restype nucleic
set RUN.1 name "RUN"
# set FF atom types
set RUN.1.O5' type OH
set RUN.1.H5T type HO
set RUN.1.O3' type OH
set RUN.1.H3T type HO
set RUN.1.C5' type CT
set RUN.1.H5'1 type H1
set RUN.1.H5'2 type H1
set RUN.1.O4' type OS
set RUN.1.C4' type CT
set RUN.1.H4' type H1
set RUN.1.C3' type CT
set RUN.1.H3' type H1
set RUN.1.C2' type CT
set RUN.1.H2'1 type H1
set RUN.1.O2' type OH
set RUN.1.HO'2 type HO
set RUN.1.C1' type CT
set RUN.1.H1' type H2
set RUN.1.O4 type O
set RUN.1.C4 type C
set RUN.1.N3 type NA
set RUN.1.H3 type H
set RUN.1.C2 type C
set RUN.1.O2 type O
set RUN.1.N1 type "N*"
set RUN.1.C6 type CM
set RUN.1.H6 type H4
set RUN.1.C5 type CM
set RUN.1.H5 type HA
# save the OFF library
saveoff RUN RUN.off

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